O trabalho de produção de mudas no Programa teve início em 2014, com a capacitação de 28 viveiristas em 4 comunidades e com a estruturação dos viveiros comunitários. A Rede atualmente é constituída por 4 viveiros e pelo viveiro central na Base Florestal, inaugurado em 2017.
Os Núcleos de Produção de Mudas estão localizados em comunidades rurais tradicionais, situadas no território da Hileia. Cada viveiro trabalha sob a coordenação e responsabilidade técnica do Programa, cujos profissionais acompanham os trabalhos periodicamente. Os Núcleos dispõe das orientações técnicas necessárias para desenvolvimento dos trabalhos com procedimentos de monitoramento, regularização legal e o controle da produção, além do apoio na comercialização.
As mudas produzidas pelo Programa, atendem aos padrões técnicos de qualidade e aos critérios legais na produção e comercialização. São produzidas mudas provenientes do resgate e do trabalho de conservação de espécies ameaçadas (Projeto Procura-se), mudas frutíferas nativas, raras, ou endêmicas. Também são produzidas mudas de espécies pioneiras para a recomposição florestal.
A doação é realizada conforme a Política de Doação e Comercialização de Mudas do Programa que define como público alvo a agricultura familiar, instituições públicas ou filantrópicas e parceiros do Programa (colaboradores diretos ou proprietários rurais que cedem áreas para coleta de sementes ou apoiam a implantação de arboretos para conservação).
As mudas são destinadas à comercialização em recipientes de 180m3, 1,5 litros ou 7 litros (arborização). Os valores das mudas são pautados pelo recipiente, pela categoria da muda e ainda pelo quantitativo adquirido. Por meio da aquisição de quantitativos maiores ou por meio do contrato ou encomenda o Programa Arboretum tem como oferecer valores diferenciados.
Lista de espécies que podem ser produzidas sob encomenda.